Museum diresmikan pada 25 November 2006 sebagai museum manga terpadu yang pertama di Jepang. Koleksinya berupa 200 ribu manga terbitan dalam negeri Jepang dan manga terbitan luar Jepang. Selain itu, museum ini juga menyimpan majalah dari zaman Meiji dan buku bekas milik kios penyewaan buku dari zaman seusai Perang Dunia II, manga populer dari zaman sekarang, dan manga dari berbagai negara di dunia.
Sejak awalnya, museum ini merupakan kerja sama antara pemerintah kota Kyoto yang menyediakan tanah dan gedung dan Jurusan Manga Universitas Kyoto Seika. Museum sekarang dikelola oleh dewan pengelola yang terdiri dari wakil universitas dan pemerintah kota.
Sebagai kepala kehormatan museum ditunjuk ahli anatomi Takeshi Yoro yang dikenal menulis buku berjudul Baka no Kabe. Museum mempekerjakan 4 peneliti spesialis sejarah seni dan sejarah pemikiran zaman modern.
Museum antara lain memiliki zona galeri, zona penelitian, zona penyimpanan koleksi, ruang pameran tetap, dan ruang pameran istimewa.
Atraksi utama berupa “Dinding Manga” yang diisi dengan sekitar 50 ribu jilid manga yang diterbitkan mulai tahun 1970-an dalam rak sepanjang 140 meter. Pengunjung bisa membawa manga untuk dibaca di halaman rumput museum. Tiket berlaku sehari penuh yang memungkinkan pengunjung bebas keluar masuk museum selama 1 hari.
Di antara koleksi bersejarah yang dimiliki museum:
Majalah Japan Punch yang diterbitkan kartunis Inggris Charles Wirgman di Yokohama (1862-1887).
Majalah manga pertama yang diterbitkan orang Jepang, Eshinbun Nihonchi pada tahun 1874.
Majalah manga pertama khusus untuk anak-anak, Shounen Pakku yang diterbitkan tahun 1907
Museum Tampak dari Luar
Bagian Taman
Bagian Dalam Musem
